Lulus AAU dan Akmil, Petunjuk Sholat Istikharah Tuntun Sosok Ini Jadi Jenderal Kopassus hingga KSAD

Lepas dari Kodam IV/Diponegoro, Subagyo kemudian diangkat menjadi Wakasad menggantikan FX Sudjasmin yang memasuki masa pensiun. Subagyo dilantik oleh KSAD Jenderal TNI Hartono pada Juni 1997 di Mabes TNI AD, Jakarta Pusat.

Baru delapan bulan menduduki jabatan sebagai Wakasad, Subagyo langsung dipromosikan menjadi Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD) menggantikan Jenderal TNI Wiranto yang diangkat menjadi Panglima TNI. Jabatan KSAD sendiri merupakan puncak tertinggi karier militer di Angkatan Darat.