Sejarah Operasi Dwikora, Perintah Soekarno untuk Gagalkan Pembentukan Federasi Malaysia

Ini juga membuat Indonesia meningkatkan kawasannya dan membentuk Komando Siaga pada 28 Februari 1965, yang dipimpin oleh Jenderal Soeharto, bertujuan untuk menjaga daerah perbatasan.

Namun operasi Dwikora pada akhirnya harus berakhir pada masa orde baru. Karena Soeharto menganggap hal tersebut sudah tidak bermanfaat bagi Indonesia.

Sehingga timbul langkah untuk menyelesaikan konflik dan normalisasi hubungan antara kedua negara. Pada akhirnya Indonesia harus rela mengakui bahwa Sabah dan Sarawak merupakan wilayah Malaysia.

Pada Juni 1966 dibentuklah perjanjian perdamaian antara kedua negara. Sedangkan penandatanganan dilakukan pada 11 Agustus 1966.